С 23 июня 1941 года Исачкина Мария Фроловна мобилизована в ряды Красной армии, где работала старшей медсестрой временного санитарного поезда № 1025 на Западном фронте, позже была переброшена на Калининский фронт.

12 февраля 1942 года Мария Фроловна получила общую тяжелую контузию и лечилась в госпитале г. Уфы до июля 1942 года. После выписки, по собственному желанию, она была отправлена в Москву, где проходила трехмесячные курсы по циклу лаборантов. Затем ее назначили работать в санитарно-эпидемическую лабораторию № 70 Воронежского фронта, где проработала до февраля 1944 года.

В феврале 1944 года по состоянию здоровья Мария Фроловна в звании младшего лейтенанта медицинской службы была уволена в запас со II группой инвалидности.