С мая по ноябрь 1941 года Афанасий Маркович был курсантом мотомеханизированной дивизии, учился на командира стрелкового отделения.

С ноября 1941 года по конец мая 1942 года — командир 2-го отделения истребительного отряда 393-й стрелковой дивизии. Воевал под Харьковом.

2 февраля 1942 года Афанасий Маркович получил боевую задачу — разведать хутора Петровский и Новоалександровский. В Петровском была обнаружена разведка противника и уничтожена. 3 февраля 1942 года отделению Маркова была поставлена задача — разведать село Сокольское. Были обнаружены дозорные противника и 4 огневые точки. Силами отделения противник и 2 огневые точки были уничтожены. Захвачены трофеи: 2 винтовки, 500 патронов. На личном счету сержанта Маркова имеются 11 убитых немцев. За выполнение поставленных задач Марков Афанасий Маркович был представлен к правительственной награде медалью «За отвагу». В начале 1942 года о нем была опубликована статья в газете «Красная звезда».

В тяжелых боях за Харьков в мае 1942 года значительная часть войск оказалась в окружении.

В 1943 году Афанасий Маркович попал в плен в концлагерь. В плену он, как и многие наши военнопленные, был подвергнут пыткам. Его вешали вверх ногами и мучили до тех пор, пока кровь из носу не шла, таким образом выпытывали информацию о Красной армии. Много всяких пыток пришлось выдержать Афанасию Марковичу, но он не сломался.

В 1945 году американские войска освободили пленных из концлагеря, но собрались забрать целую баржу с русскими пленными к себе в Америку в качестве уже своих пленных. Но, на счастье русских, подоспели наши «Жуковские танки», и под прицелом пушек, направленных на баржу с пленными, они освободили своих сослуживцев.

В 1945 году Афанасий Маркович как бывший военнопленный попал в главное управление контрразведки (им. СМЕРШ), где проверяли его два года. В 1947 году, после долгих и тщательных проверок сотрудниками СМЕРШ, вернулся в родную деревню. Концлагерь, пребывание в тюрьме, оставили свой отпечаток на здоровье. Осколок в легком, серьезное заболевание желудка. В послевоенные годы на болезни не особо обращали внимание, до этого не было времени. Нужно было восстанавливать страну, поднимать колхозы.

В мае 1953 года Афанасий Маркович женился на Семеновой Ольге Семеновне (которая тоже принимала участие в приближении Победы — они с одноклассницами рыли окопы на реке Сура).

Афанасий Маркович работал бригадиром в колхозе. В то время это считалась уважаемой должностью. Его очень ценили и уважали.

У Афанасия Марковича было два старших брата, которые тоже служили на войне. Старший брат — Марков Ермолай Маркович был офицером Красной армии и пропал без вести, когда защищал Москву от нападения фашистских солдат. Средний брат — Марков Михаил Маркович — был милиционером и тоже пропал без вести. После войны семья пыталась найти сыновей, но все было безрезультатно. По сей день неизвестна судьба братьев Афанасия Марковича.